抗战期间，重庆有一个国内当时最大的钢铁厂：钢铁厂迁建委员会（民间称大渡口钢铁厂，即今日重钢）。创建之初，钢迁会有两位主要负责人。主任委员杨继曾兼任军政部兵工署制造司司长，政务繁忙，无暇顾及钢迁会的琐碎事务，因此，副主任委员张连科就成为主持钢铁厂迁建的实际负责人。据张连科的子女回忆，在张家简陋的客厅里，始终挂着一幅于右任题赠的对联：“肩天下仕撑山骨，读古人书学竹心”。这既是张连科为人处世的座右铭，也是他一生胸怀祖国、爱厂如家的真实写照。

张连科主持迁建期间，无暇顾及家事，让妻子一个人拖着3个幼小的孩子随难民潮回贵阳避难，直到钢迁会的迁建和生产逐渐步入正轨才将家眷接到大渡口。当妻子、儿女来看他时，昔日那个西装革履、魁梧白胖的厂长正穿着一条卡矶布短裤，戴着一顶草帽，站在荒草丛生的长江河滩上指挥搬运物资。

张连科生活简朴，不事烟酒。为了节约物资以利抗战，张连科拒绝了配备给他的小汽车，改为骑马代步。抗战期间，他最担心的是职工的防空安全问题，部署修筑了很多防空洞，并对主要生产设备进行了伪装。但他自己却经常在警报声中照常坚守岗位，甚至照例巡视工作，令家人和下属格外担心。一天早晨，还没到上班时间就响起了警报，张连科不得不躲进附近的防空洞。在幽暗的油灯下，在隆隆的轰炸声中，他从容地批阅文件。警报刚解除，他就跑出去组织职工救治伤员、清理现场。

张连科对亲人和子女要求极严，支持妻子担任抗日女工作队支队长，和职工家属们一起缝军衣、做军鞋，照顾伤兵并慰劳前方将士；让子女和职工们一样吃配给的糙米和高粱，穿带补丁的衣裳和草鞋。

张连科将全部精力投入了抗战事业，却因过度疲劳，正当壮年便疾病缠身。1944年夏，他被查出患有心肌炎，经治疗未完全康复。家人回忆，他经常忍着疼痛，捂着胸口，满头大汗地抱病去上班。最后，行动越来越吃力，仍坚持在家办公。因平日不治家产，家无余财，妻子只有靠典当衣物来延医买药。

1945年5月17日晚，张连科心脏病突发，昏厥不省人事。经抢救无效去世，年仅49岁。

张连科去世后，全厂职工追念他的建厂之功，在厂区石门坎为他举行了隆重的公葬。